Клинико-диагностическая лаборатория выполняет общеклинические, цитологические, гематологические, биохимические, коагулологические, иммунологические (определение уровня ферритина, прокальцитонина) исследования с целью диагностики заболеваний, определения причин заболевания, тяжести процесса и прогноза болезни, контроля лечения.

Также в клинико-диагностической лаборатории КДКБ осуществляется лекарственный мониторинг - определение концентрации в крови пациента лекарственных средств (циклоспорин, метотрексат, вальпроевая кислота) для контроля лечения заболеваний и подбора оптимальной дозы препарата.